Действие фильма — Вторая мировая война. Главная героиня — русская девочка Надя, обладающая даром ясновидения. Она идёт сквозь войну, теряя родных и лучших друзей, но у неё есть высокая цель — спасти свою Родину от захватчиков. Здесь нужно заметить, что сюжет фильма строится на основе «войны внутри войны», то есть помимо взаимного физического уничтожения и захвата территорий Россия и Германия ведут между собой ещё одну войну, о которой мало кто подозревает — двух секретных оккультных служб, двух специальных военных ведомств — немецкого «Аненербе» и русского 6-го отдела военной разведки. На вооружении этих подразделений не танки и самолеты, а законы магии и волшебства. Древнее заклинание позволяет магам «Аненербе» вызвать из царства мертвых дух великого магистра ордена Меча крестоносца барона фон Вольфа, павшего 700 лет назад в ходе Ледового побоища. И только Надя может его остановить.
Фильм придуман и спродюсирован двумя российскими авторами — Михаилом Шприцем и Алексеем Климовым. А также Эйко Танака — японским продюсером анимации. Режиссёром фильма стал Ёшихару Асино - Yoshiharu Ashino, работающий в области анимэ с начала 90-х годов.

Спустя 31 год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии, воссоздан новый город — Нью Токио. 

 

Внешне все под контролем, однако, организация страны теперь напоминает профашистское государство, жесточайшим образом подавляющая попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические опыты над людьми для разработки совершенного вида оружия. 

 

Военные, в лице полковника Сикисима, руководителя проекта биологических военных экспериментов, входят в конфликт с политическим крылом правительства. А в стране возникает религиозный культ сверхчеловека по имени Акира, приход которого, якобы, может решить все проблемы Японии. Дальшейшее развитие сюжета поражает масштабом — Апокалипсис, рушащиеся небоскребы, сражения сверх-людей и т. п.

Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах прошлого.

Но покой герою только снится: жителей планеты начинает поражать странная болезнь, а в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Капай, явно замышляющий дурное. И его недобрые планы как-то связаны с беззащитными сиротами. Поняв, что в мире вновь пробудилось зло, Клауд вновь берет в руки оружие, чтобы защитить мир Последней Фантазии от новой угрозы…